濃縮膠和分離膠的PH值不同，前者主要表現為濃縮效用，后者表現為電荷效用和分子篩效用。
濃縮效應主要在濃縮膠中完成，濃縮膠的pH6.8，在這個pH條件下，緩沖液中的HCl的Cl離子幾乎全部解離，Gly的等電點為6.0，僅少數解離為負離子，在電場中移動速度很慢。酸性蛋白質在此pH下解離為負離子，三類離子的遷移速率為Cl>一般蛋白質>Gly，電泳開始后，Cl離子泳動快，在其后留下一個低離子濃度區。Gly在電場中移動很慢，造成移動離子的缺乏，于是快慢離子間就形成了一個缺少離子的高壓區，在高壓區內所有的負離子都會加速移動，當移到Cl離子區域時，高電壓消失，蛋白質的移動速度慢下來，當以上穩定狀態建立后，蛋白質樣品在快慢離子間被濃縮形成一個狹小的之間層，并按蛋白質所帶負電荷量的多少依次排列成帶，濃縮樣品，從濃縮膠進入分離膠后，膠的pH升高，Gly的離解度增大，泳動率上升，又因為它分子小，故超過所有的蛋白質分子，緊跟在Cl離子后，Cl離子遷移后，低離子濃度不再存在，形成了恒定的電場強度，因此，蛋白質樣品在分離膠中的分離主要取決于它的電荷性質，分子大小和形狀，分離膠的孔徑有一定大小，對不同相對質量的蛋白質來說，通過時收到的滯阻作用不同，即使靜電荷相等的顆粒，也會由于這種分子篩的效應，把不同大小的蛋白質相互分開。
· 濃縮膠的濃度小，起到濃縮的作用，**濃縮膠和分離膠的界面。
而后，分離膠濃度大，起分離的作用。